责，这个时期已经过去。"今栗以诸生不得从熹讲学为熹之罪，而又谓非治世之法，宜禁绝之，此又非其实也。"显然，林栗是把"治"与"乱"的关系颠倒了，以讲学为罪，要禁绝之，才真正"非治世之法"，是重复蔡京之类的奸臣"不得为师之禁"的致乱之法。
叶适从历史的回顾中来反驳林栗，是很有力的。
在此基础上，叶适又进一步指出：凡栗之辞，始末参验，无一实者。至于其中"谓之道学"一语，则无实最甚。
利害所系，不独朱熹，臣不可不力辩。盖自音小人残害忠良，率有指名，或以为好名，或以为立异，或以为植党。近刨为"道学"之目，郑丙倡之，陈贾和之，居要津者密相付授，见士大夫有稍慕洁修，麤能操守，辄以道学之名归之。以为善为玷阙，以好学为过愆，相为钩距，使不能进，从旁窥伺，使不获安。于是贤士惴栗，中材解体，销声灭影，秽德垢行，以避此祸，殆如吃菜事魔影迹犯败之类。
往日王淮表里台谏，阴废正人，盖用此术。??栗为侍从，就其蹇浅，无以达陛下之德意志虑，示信于下。而更袭用郑丙、陈贾密相付授之说，以道学为大罪，文致语言，逐去一熹。①自此游辞无实，谗口横生，善良受祸，何所不有！（以上引文均见《水心文集》卷之二）叶适这里主要是从后果上来论述以"道学"为罪的危害，作出"利害所系，不独朱熹"的论断，是这篇辩护状的核心观点，意义十分重大。围绕这个论点，叶适从几个方面进行了论证。
首先，叶适回顾了几年前郑丙、陈贾请禁道学的做法，开了一个很坏的先例，就是以某种学术为罪名来打击学者。叶适说，以往"小人残害忠良"，往往用"好名"、"立异"、"植党"为罪名，从郑丙、陈贾开始，用"道学"为罪名，"以为善为玷阙，以好学为过愆，相为钩距，使不能进，从旁窥伺，使不获安"，搞得人心惶惶，"贤士惴栗，中材解体，销声灭影，秽德垢行，以避此祸"，产生了很坏的效果。第二，叶适指出，这种以"道学"为罪名来打击学者的行为，在手法上也不正当，是"居要津者密相付授"的方法，行动诡秘，不是光明正大的，"往日王淮表里台谏，阴废正人，盖用此术。"第三，林栗"袭用郑丙、陈贾密相付授之说，以道学为大罪"，如果仅仅是为了罢黜一个朱熹，害处还不大；叶适所担忧的是，这个口子一开，"自此游辞无实，谗口横生，善良受祸"，那危害就大了。以"道学"为罪，势必殃及学人，受害的绝不是朱熹一人，叶适为朱熹同时代的学者，对这个问题特别敏感。叶适有此担忧，绝不是杞人之忧，作为事功学派的代表，他看问题要比别人更切合实际一些，更深入一些。他不能不看到，郑丙、陈贾禁道学的上疏公布之后，朝廷上下掀起一股反道学的潮流，这种潮流显然与他自己及陈亮对道学的批评有本质的不同，而是一种学术界以外的政治力量。以政治手段对道学学者的打击和排斥，而实际受害者却不限于道学学者，连他的挚友陈亮也受株连，惨遭冤狱。有此历史教训，所以当林栗以"道学"为罪而弹劾朱熹时，叶适就警觉起来，预感到这样做的后果的严重性，"利害所系，不独朱熹"、而是对着所有在学术上有所建树，能提出新观点、建① 《宋史纪事本末·道学崇黜》中引叶适此疏，在此之下有"固未甚害，第恐"之语，连接上下文，更加顺畅，也更合叶适此文的本意，似应补上。
立新体系并聚徒讲学的学者而来的。在这个问题上，叶适同朱熹在利害上有了共同性，因此，他要挺身而出，为朱熹辩护。他在这时为朱熹辩护，并不是只为朱熹一人辩护，而且是为当时所有具有新观点、建立新体系并授徒讲学的学者辩护，是抵制政治上的强权对学术界的横加干涉，是要保护学者自身探讨学术、学者之间互相论辩得以正常进行，而不受外来的干预。如果说，那些道学家们往往空谈义理、空谈性命，而讳言利害，表现得比较迂阔的话，那末象叶适这样的事功学派的学者却不是这样。而是注重事情本身的来龙去脉的分析，从中认清事理之所在，他不回避利害的问题，而是特别注意事物的利害，注重事情的后果。由此看来，叶适此时挺身而出为朱熹辩护，并没有违背他作为事功学派学者的根本观点，却上表明了事功学派注重实际、切中事理、顾及后果、明辨利害之所系的本色。我们可以看到，"庆元党禁"的出现，证实了叶适在这篇辩护状中所做的预测，叶适在这里所担忧的事，在"庆元党禁"中都成了严酷的事实。
对叶适的《辩兵部郎官朱元晦状》，当代学者在关于叶适的著作和论文中，或避而不谈，或涉及到而不置可否，个别著作中有所评论却颇有微词。
如《宋明理学史》论及此事时，有这样的评论："到淳熙十五年，当朱熹遭到林栗攻击时，他（指叶适）却出来为朱开脱、辩解。??林栗出于排斥理学家参加政权的需要，自然不免于不实之词。而叶适在《辩兵部郎官朱元晦状》中，却激烈攻击林栗，袒护朱熹??反映了叶适当时对道学的认识，在思想上还不完全明确。"（该书第十四章第二节）这里有两个问题：一个是，叶适当时为朱熹辩护反驳林栗，做得到底对不对？一个是，叶适为朱熹辩护，是因为"当时对道学的认识，在思想上还不完全明确"，还是有别的原因？
以叶适这样一个朱熹在学术上的反对派出来为朱熹辩护，似乎是不可理解，但只要稍加分析，就可明白个中之道理。林栗对朱熹的弹劾，并未批评到道学的内容，林栗本人也没有在学术上提出什么观点来同朱熹的道学思想相对立。因此，林栗同朱熹之争，根本不是学术之争。林栗弹劾朱熹，也不仅仅是出于排斥理学家参加政权的需要，否则也难以理解林栗贬斥朱熹"本无学术"，以"道学"为罪，要求禁止朱熹聚徒讲学这样一些不属参加政权的学术活动。林栗本人曾著有《易解》一书，也可算是个学者，但他弹劾朱熹并非以学者身份，而是以兵部侍郎的身份，从他弹劾的内容来看，他代表的是一种政治力量，代表了强权。他对朱熹的弹劾，实际上是代表强权对一种学术的压制，而这种压制如果得以实行，那末受压制的就不是一种学术（如道学），而是一切学术。因此，叶适为朱熹辩护。不独为朱熹一人，而是为整个学术界辩护，是代表学术界与林栗所代表的强权相对抗。因此可见叶适为朱熹辩护的正义性。我们还可以进一步看到，正因为朱熹同叶适在理论上是论敌的关系，叶适为朱熹辩护表明他同朱熹并无门户之见，更可见叶适品质的高尚。由于林栗并未批判朱熹的道学观点，而叶适也并未对朱熹的道学观点本身进行辩护，因此也不能说叶适袒护了朱熹。
叶适对道学的认识是有一个过程的，他对道学进行系统的批评，是在被罢职后退居永嘉水心村时的事，在他为朱熹辩护之前，尚未同朱熹发生过正面的辩论，如陈亮同朱熹辩论那样。但是，这并不意味着叶适为朱熹辩护时，对道学的认识还不够明确。事实上，在此之前，叶适同朱熹在观点上的分歧是清楚的。淳熙十二年，叶适在致朱熹的信（此信不见于《叶适集》，已侠）
中曾阐述过自己的观点，朱熹致陈亮的信中说到叶适："观其议论，亦多与鄙意不同，此事尽当商量。"这年叶适在为应皇帝的召对而准备的稿子中，有"虽有精微深博之论，务使天下之义理不可逾越，然亦空言也"（《水心别集》卷十）之论；到淳熙十四年，在《上殿札子》中，有"高谈者远述性命，而以功业为可略"（同上，卷十五）的批评，这些显然是针对朱熹等道学家把"义理"同"事功"对立起来，空谈"义理"而不切实事的观点而发的。这里所论及的，是永嘉之学同道学的主要分歧，带有根本对立的性质。
为什么到了淳熙十五年，叶适反而站出来为朱熹辩护呢？是叶适在原有的观点上后退了呢？还是原来对道学的认识就不清楚，因而同道学划不清界限？
反过来说，如果叶适对道学的认识更加深刻、更加清楚了，是不是就不再出来为朱熹辩护了呢？不是的。这里的问题在于，叶适同朱熹在学术观点上的分歧，同林栗弹劾朱熹，完全是两个性质不同的问题。如前所述，叶适同朱熹在学术观点上的分歧，是学者之间的学术之争，而林栗弹劾朱熹是以政治权力来压制一种学术。叶适同朱熹在学术观点上的分歧，并不妨碍他在朱熹受到政治迫害时站到朱熹一边；叶适为朱熹辩护，并不意味着他在学术上放弃自己的观点，混淆了他同朱熹在思想上的界限，并不妨碍他在以后的学术生涯中进一步批评道学的观点。因此，可以这样说，即使他在以后的研究中对道学的认识更深刻、更清楚了，他也不会容忍来自外面的以政治权力来压制一种学术（如道学）的做法，因为以后的事实越来越证明，这种做法对学术界来说是一场灾难。
叶适的《辩兵部郎官朱元晦状》的结果是"疏上，不报"。其后，林栗被劾出知泉州，而朱熹亦"请祠"，回武夷山著书去了。（《续资治通鉴》卷一百五十一）
此后，叶适在临安并不顺心。主要是他在淳熙十四年《上殿礼子》论恢复没有结果，原因是孝宗"此志已泯"。丞相周必大也没有支持叶适。因此，叶适觉得在朝中无事可做，不如出外做个地方官。陈亮说："正则闻欲求外，周丈（即周必大）独当政柄，何以使贤者至此乎！"（《与尤延之侍郎》，《陈亮集》卷二十九）
（三）试郡治民，办事务实
淳熙十六年（公元1189 年）二月孝宗内禅，太子赵惇即位，是为光宗。
叶适作为太常博士，在新君"祗见祖宗之初，颇预讨论，尝叨奉引。??获缀末班"（《蕲州到任谢表》，《水心文集》卷之二）。新君即位，引起了叶适的新希望，在召对之机，上《应诏条奏六事》，再论恢复之策。他首先阐明"治国之要"："当微弱之时，则必思强大；当分裂之时，则必思混并；当仇耻之时，则必思报复；当弊坏之时，则必思振起；??"然后，分别分析了当时在政治、经济、军事等方面的六大问题，称为"未善者六事"，即"国势未善"、"士未善"、"民未善"、"兵未善"、"财未善"、"纪纲法度未善"。最后，叶适总结说，首先还是要"明治国之意"，"不先明治国之意，使此六者本伤而末坏，??臣之议论无所复用矣"。他恳切地说："臣伏观寿皇圣帝在位二十八年，英武刚健，勤劳恭俭，整厉臣工，变移风俗，大志未酬，亲授陛下。??陛下严祗寅畏，足以膺受付讬；仁恕温厚，足以慰答徯望；虚心无我，足以容受正直；??于此而先明所以治国之意，又何难哉！"（《应诏条奏六事》，《水心别集》卷十五）
上书之后，叶适又"自求外补"，由秘书郎出知蕲州。蕲州（今湖北省蕲春县）在淮西路，当时属边郡。新君派遣叶适，"远役忽栖于故楚，浮家几遍于长川（指长江）"，"遂令试郡，课以治民"（《蕲州到任谢表》，《水心文集》卷之二）。叶适离永嘉时，携眷登舟，其岳母高夫人翁氏送叶妻高氏至江（当为瓯江）滨，"有诀别语，盖知其不再见也"（《高夫人墓志铭》，《水心文集》卷十四）。挚友陈亮亦相送，并作词《祝英台近》一首相赠：驾扁舟，冲剧暑，千里江上去。
夜宿晨兴，一一旧时路。
百年忘了旬头，被人馋破；故纸里，是争雄处。
怎生诉？欲待细与分疏，其如有凭据！
包裹生鱼，活底怎遭遇？
相逢樽酒何时？
征衫容易，君去也，自家须住。
时在淳熙十六年六月十一日。（见《陈亮集》卷三十九）
叶适溯江而上，到湖口，改道北上，经黄梅到达蕲州。这蕲州虽为"山泽之聚，淮之名城也"，"然而州无城堞，市无廛肆。屋无楼观，佳卉良木不殖，公私一切简陋。??"（《烟霏楼记》。《水心文集》卷之九）叶适到蕲州，除知州一般职务所应办之事外，还对本地区铁钱之事多有留意。到任之初。即对公私铁钱相混，官府禁绝铁钱而不得要领，致使"畏两文销折之多，市井至于昼闭；取十年工本之数，军库为之顿空"的严重状况，作了上报。（见《蕲州到任谢表》，《水心文集》卷之二）不久，朝廷又委任叶适以提举淮西铁冶司的兼职。
淮西铁冶司始设于孝宗乾道初年，是因为铜钱渗漏到敌国，朝廷命两淮、京西等地用铁钱而设立的。淮西铁冶司管辖舒、蕲、黄三州的三监，冶铸铁钱。（见《宋史·食货志》下二）因铸铁钱有利可图，私铸较多，币制混乱，"私铸铁钱散漫江淮，公私受弊"，朝廷为稳定币制并使百姓利益不受报害，"不惜厚费，特与收换"（《淮西论铁钱五事状》，《水心文集》卷之二）。
叶适兼领淮西铁冶司，就负责这项工作。他在执行时发现，要使公铸铁钱流通，使私钱禁止，是一件相当复杂的事。为此，他从实际情况出发，建议采取五项措施来解决这个问题。
第一项叫"开民间行使之路"。原来铁钱不分官私，民间不辨真伪，得钱便使。自禁私钱后，百姓在买卖时，文文拣择，有时将官钱也当私钱拣出，不肯收受，这样官钱的流通也受到阻碍，使货物交易也受到影响。叶适在淮西路采取的办法是，将"新旧诸样官钱，钉板印榜，晓谕民间，令其从便行使；亦立私钱样，令拣选不用"，做到家喻户晓，都能分辨官钱、私钱，用官钱不疑。"须待官钱流通，物价复旧，方见禁断私钱之利"。第二项叫"责州县关防之要"。自禁私钱以来，"号令纷纷，争为严峻"，如果一一严格执行，则"诬告罗织，狱讼繁兴"；如果放松了，"奸究仍在"。这都是因为"不得关防之要"。叶适在淮西路下令各属官，"专一禁止行使私钱之家，旬具委无行使私钱结罪"，申报本司。"只此一令，不必繁多，但要行之坚久，私钱无用，私铸自息"。叶适认为，"盖必无私铸，其说难信；欲必不使私钱，其事易遵。"只抓住一条，可谓得其要领了。第三项叫"审朝廷称提之政"。当时铜钱过江北，可以兑换铁钱；但铁钱过江南，不能兑换铜钱。
"故江北自行铁钱之后，金银官会（一种纸币），无不高贵，富商大贾，财本隔碍。"长此以往，"流转不行"，货物流通受到阻碍。因此，叶适建议，"若要称提得所，义理均平，当使铁钱之过江南，亦如铜钱之过江北，皆有兑换之处，两无废弃之虞。"第四项叫"谨诸监铸造之法"。原来铁冶司为了对付私铸者，就翻新花佯，铁钱字文四季一样，每贯钱重从四斤十二两增至五斤八两。这样铸钱，连铸工都记忆不清，百姓更无法辨认。叶适认为，钱文应该统一，轻重大小应一致，这样才能使"民听不疑，行用不惑"。为此，他已下令淮西诸监，以蕲春监淳熙七、八、九年所铸钱为标准，不要增加分量和翻新花样。第五项叫"详冶司废置之宜"。叶适建议，冶司应与各路监司分别职责，"为冶司者，但当督察稽考，总其大柄而已"。（同上）
以上措施，在叶适职权范围内的，已经施行；在他管辖范围外的，建议朝廷采纳施行。