1. 迁都到东京
1868年，年号从庆应改为明治。
九月八日这天开始，成为明治元年，定下了一世一元制。即一代天皇，只用一个年号，今后不可擅自变动。
这时，鸟羽、伏见之战失败的幕军，随庆喜逃回江户。官军追进江户城，成立了一个新政府。以会津为首的东北诸藩，抵抗了一阵官军，不久就投降了。北海道虽然仍有小股拥幕力量困守孤堡，东北基本已经平安，新政府的基础，已固若磐石。
明治天皇接受西乡隆盛、岩仓具视等维新派人士的建议，决定把国都由京都，迁到江户去。那里才是日本真正的中心，后来改名东京，从前的将军府邸扩建成为皇宫。此一举措，在日本近代历史上受到极高的评价。
在整个德川幕府执政的数百年间，天皇受到幕府的监视，一步不能离开京都。甚至连皇宫也不允许出，长年累月就生活在不足一平方日里（1日里约等于3900米）的圈子里。
有这样一个故事：后水尾太上皇想去参拜山城、大和神社佛寺。配备在禁中的武士高木伊势守提出了异议：
“请先报告幕府，征得同意后，您再去。”
太上皇大怒道：
“我又不是去策划坏事，不过是想去寺庙朝拜。太上皇希望这样做，却遭到臣下的阻挡。实在太无理了！”
“臣下不懂得深奥的道理。只是领受了关东（即幕府）之命令，一定要保卫皇宫。如果太上皇要强行外出，臣下只好挡住去路阻止您。万一您仍要破坏规定外出，臣下不惜甘冒逆贼的恶名，也会朝着凤辇射箭！”
太上皇没有再往下说。天皇也罢、太上皇也罢，三百年从来没有出过宫门一步。
如今江户城回到皇室手中，睦仁要借迁都之机，明明白白向国内外昭示：日本国的天皇重新君临天下。大队人马沿途过大津、草津；越水口、铃鹿；经四日市、桑名，在当到达见阪时，天皇下轿稍事休息。他眺望远方，深有感触地说：
“这就是太平洋吗？”
曾目击这次迁都盛况的一位外国人，留下了生动的描述：
“1868年11月，整个皇室和他们的护卫部队以及仪仗队伍，沿300英里长的东海道从容行进。这是日本历史上队列最长，而且最为壮观的一次行军。在朝廷人马所经过的每一里路上，农民在大道的拐弯处膜拜顶礼。11月26日，是明治16岁生日后的23天，天皇御驾进了江户城，有三个西方人在现场观看。明治乘坐一顶黑漆大轿，轿顶有一个金鸟。头和身体像是孔雀，尾巴像是雏鸡的尾羽，呈扇形向上方张开，象征永存不朽。皇族约60名轿夫和卫士，穿黄色丝绸长袍，戴着小巧的菊花形耳环，随从大队而行。在队伍前边，三名老年京官对密集的人群扇着扇子，大声吆喝，为御驾开道。人群像潮水似地在大道两旁此跪彼伏，叩头触地，直到队伍过完为止。”
驾抵东京的第十天，对全城市民赏赐御酒。全城八百零八条街，分为大、中、小三等。大街赐酒三木桶（一桶装40升），中街赐两木桶，小街赐一木桶。此外，还下赐锡酒壶550个，鱿鱼干1700把，东京市民歇业两日，全城喝得酩酊大醉。
对于老百姓来说，幕府将军大人给撵跑了，代之而来是天皇，反正都差不多。单从这般盛情招待来看，兴许不是多么坏的人……这是当时东京百姓的想法。
在东京住了两个月，明治提出要还幸一次旧京。那里有宗祠社庙，刚好先帝驾崩满三年，必须祭祀。还要举行迎娶皇后入宫的仪式。
担当辅相的三条实美表示反对：
“当前日本处于关键时刻。关东多年受到德川家的恩惠，暗中怀念他的人很多。朝廷虽说统治着这儿，但远没有真正把握住人心。天皇如果离开东京，就可能失去几经努力好不容易才笼络住的民心。西归之事，还望慎重。”
但是岩仓的看法不同：
“先帝的祭祀，立皇后的仪式，都是朝廷大事，不可等闲视之。按照古礼的规格和惯例，礼仪是非常森严、庄重的，当然非京都莫属。天皇还幸旧京，办完该办的大事，再返回东京不就行了。”
于是，还幸京都成行。回到京都的第六天之后，于年末的二十八日，完成了皇后册立大典。
此刻的寿荣姬，充满了激动和不安，所有的亲友为她祝福。喜期当日巳刻（上午十时），她乘坐槟榔毛的牛车进宫去。一身穿戴高雅华丽，可说极尽人间富贵。仅看她那天的衣着清单：
1.裤裙（精巧、深火红色）
2.和服单衣（深火红色）
3.女礼服一套
4.梅花整套五衣（白面红里）
5.红梅上衣（粉红面，底纹红梅散花，上绣白梅折枝，紫色里）
6.女礼服上装（红面，紫里）
7.衣裙（白地绫，底纹三重带，上绣天蓝色画桐、竹、凤凰）
8.手执日本扁柏扇
经过一系列的繁琐仪式之后，明治夫妇还驾常殿。天皇脱下直衣，皇后宽下五衣，同到第一御所间参加庆祝宴会。
新政府刚建立起来，古旧的制度需要改革之处不胜枚举，令人不知从何处着手。
首先从较简单易行的做起。老中、半老、大目付、小目付等职位全部废止，这一来失业的高官显宦们担心着明天的生活，一个个缩着肩膀走路。直到昨天还被轻蔑为乡下武士的萨摩、长州和土藩的下级武士，则扬眉吐气招摇过市。
明治元年一月六日，宫中宣布了皇族、朝臣的“涅齿”和“点眉”风俗，可以不必继续严格遵守。
所谓涅齿，就是把自己的牙齿染黑，以有一口漆黑的牙齿为美丽、为高贵。方法是把铁粉在茶水或醋液中浸泡，使之腐蚀成为铁浆。经常用铁浆涂抹，牙齿便发出漆黑的光泽来。工序非常麻烦，需每天多次仔细涂染；一旦变得黑又亮，再想抹掉复原就得慢慢等待了。这是古代贵族的风尚，后来传入民间，就有已婚女子追赶潮流。但是男人染牙齿，只限于贵族才能享受这种特权。
再说点眉，是把天然的眉毛剃掉，再按个人审美爱好，另外人工描绘一番。不管是涅齿还是点眉，都是作为贵族的象征。既令人尊敬，也使人望而生畏。这项陋习的改革，颇有些像四十多年后中国人的剪辫子吧。
刑法方面，不合理的东西必须予以改变。但一时来不及，暂且沿袭幕府的旧刑律，只对过于残酷的刑罚加以控制。如像磔刑，只限于弑杀君父的大逆不道罪；焚刑一律改为枭首等等。
对于新政府来说，最感到麻烦的事，是办理涉外关系的问题。
大家知道，在幕府执政时期，朝廷对于外国的政策，只有一条：攘夷，坚决不同洋人打交道。对幕府与外国签订条约，朝廷一贯唱反调，并以此不断地攻击幕府。
事到而今，担子落到自己肩上了，自己成了对外关系的责任人，不能再念“攘夷”那本经了。新政府必须继承旧政府与外国的一切条约、契约、债务。
旧幕府自安政以来数十年间，达成了与外国之间的通商、建交等大量事实。为此专门设置了“外国奉行”职位，即外交部长，配备了一批官员。派遣过访美、访欧使节，整备横滨海港，开辟了码头、海关、仓库、商馆、居留地等设施。这些年横滨已经发展成了东洋重要的开放港口，异常之繁荣。从这里输出茶叶、生丝等物品，给政府提供了莫大的收入。
远在京都处于封闭状态的朝廷，对此一无所知。他们成天郁于以皇宫为中心、一平方里不到的狭小地区，确实孤陋寡闻得很。突然王政复古成功了，真不知该怎么办。
2. 风从西方来
新政府的首脑中，不少人来自萨摩藩和长州藩的武士。比起朝臣来，他们较多接触外国的事物，懂得一些新知识。其中有像伊藤博文和井上馨那样，偷偷到英国留学的人才。尽管说不上经验丰富，但总得把旧幕府遗留下的外交事务接管下来。
在王政复古的大号令下，从诸侯中新任命了15名参事。他们原先在藩内，多系中、下级武士。当然没有官位，也没有衣冠。
这就出现了一个难题：召集开起会议来，让这些没有官位和衣冠的参事坐在哪儿？
按照宫廷的传统，没有官位的人，是没资格上殿的。冥思苦想才想出个折衷办法，在宫廷小会议室的院子里，铺上一层帐篷布，让他们坐在篷布上好了。
有一名新任命的参事，年方19岁的西园寺公望，直言不讳地提出异议：
“参事是个审议国家政务的重要职务。只因以前没有赐给他们官位的机会，开会就另外设席，实在欺人太甚！我以为应该与大家并列，平起平坐。”
西园寺公望本人出生于贵族之家，其家庭地位仅次于五位设政。他当然有上殿的资格；但看见比自己年长、见多识广的西乡吉之助、大久保利通、后藤象二郎等人，坐在比自己矮一级的地方，感到不是滋味。
可是他的亲兄长听了，一阵哈哈大笑：
“宫禁中有宫禁中的规矩。殿上是大纳言啦、中纳言啦之类高官坐的地方。你的看法有点儿不对劲儿呀。”
公望道：
“现在这些新任命的参事，做的工作就是大纳言和中纳言所干的事。而且，是从前没有干过的新鲜事。”
西园寺公望从12岁起，就在宫廷中做事，当上了孝明天皇的近臣。他博览群书，与各方面的人士交往，对国家大事有着独特的见解。鸟羽、伏见之战后，被任命为山**镇抚总督。给了他一个特殊使命，万一讨幕军战事失利，山阴准备作为天皇撤退的避难之所。西园寺到了任所，没有动用武力，就让当地人归附，宣誓效忠皇室。
从山阴回来，他被新任命为东征第二军的总督。20岁就担当总督重任，这在日本既需要超过常人的才能，更讲究很高的门第出身。
先前说过，伊藤博文曾经留学英国，懂英语。王政复古后被任命为兵库县知事。一次碰见西园寺，热心地给他介绍一家西服店，怂恿他做一套西服。
“你今后非得和西洋人打交道不可，无论如何也得有一套才行啊。”
西园寺公望在率军出征前，进宫见驾，接受锦旗和节刀。第一次整整齐齐穿上新做的西装进宫去。
西园是个美男子，人才出众。得意扬扬地穿着套装西服，足登一双草鞋，头戴