传统天启宗教，主张“自然宗教”。他说：“我常常以自己的方式来理解宗教，但我从来没有完全离开宗教。”
卢梭提出了上帝存在的新证明。他认为，上帝存在、上帝创造世界的观念，虽是他的智力所不能理解的，但他确信由于“秩序的法则为万物所遵守”，因此，只有通过认识自然的秩序和“良知的直觉”，去推论上帝的存在。他说，“我把所有一切的书都合起来，只有一本书是打开在大家的眼前的，那就是自然的书。正是在这本宏伟的著作中，我学会了怎样崇拜它的作者。”卢梭就是从这本“大自然的书”，即从研究自然进而去寻求自然的创造者，去认识上帝的。
卢梭以其信奉的“自然宗教”与当时的官方宗教及其教条和仪式相对立，在这方面，卢梭发展了英国著名的自然宗教宣传者赫尔伯特·车尔伯利的观点。
尽管在宗教问题上，卢梭没有采取法国唯物主义者的无神论中明显地表现的18世纪先进观点，我们并不能否认他在反对天主教会斗争中的功绩。卢梭抨击表面的宗教仪式，认为“神要求的惟一的仪式是心灵的仪式”；他嘲笑各种宗教的代表们争论哪些关于上帝的原理与宗教仪式更为优越。他和当时的其他思想家一样，把批判的火力指向教士，号召人们不要相信“神父和牧师”的权威。结果，卢梭受到各种教会的攻击和迫害比无神论者都厉害。
教育方面：
卢梭的教育思想，集中表现在《爱弥儿》一书中。这部书他用20年时间思考，3年时间写成，紧随《社会契约论》后出版。它一出版就和它的作者一起遭到了厄运，可见它是多么不同寻常。
卢梭在《爱弥儿》这部闻名世界的论教育的著作中，根据他的唯物主义感觉经验论的认识论思想提出了按照人的认识发展过程和自然法则，对他所假定的教育对象“爱弥儿”进行教育，使其身心自由发展的“自然教育”理论，因而使他在教育史上占有重要地位。
《爱弥儿》和他的两部政治著作《论人类不平等的起源和基础》、《社会契约论》是不可分割的统一整体，它们都是以反对封建**制度为基本宗旨的，不同的是，《爱弥儿》在“破”的基础上，提出了为未来资产阶级社会培养摆脱封建社会影响的“新人”的教育计划。
卢梭的教育思想，包括“破”和“立”两个方面，即破封建主义旧教育，立资产阶级新教育。封建**统治者为了达到巩固自己统治的政治目的，他们推行一种奴化教育、愚民教育，鼓吹蒙昧主义，鄙视知识，摧残文化，使人民处于无知无识之中，成为没有思想的任人摆布的工具。孟德斯鸠曾尖锐指出，封建**国家的教育所追求的目标，就是旨在“降低人们的心志”，培植“奴隶性”。
卢梭论教育的名著《爱弥儿》，可以说是一部对封建教育制度的控诉书。它把批判的矛头指向封建君主和封建教育制度，它是同封建主义的教育理论根本对立的。由于封建**君主感到自己的政治统治是非正义的，因此，他们非常害怕人民受教育，惟恐人民有知识并进而认清自己的权益。他们力图剥夺人民受教育的一切机会，实行严格的书籍检查制度，摧残进步思想家的著作，迫害那些主张自由和坚持真理的人，堵死人们认识真理的道路。在这种黑暗的时代，教育是受教会控制的，为封建**统治服务的工具，社会上充斥着各式各样的神学废物和卢梭轻蔑地称为“科学的胡说八道”的东西。
总之，封建统治者害怕人民从沉睡中苏醒过来。因此，他们千方百计地实行文化**主义。
卢梭在对封建社会教育的批判中，他痛心疾首地反对那种由天主教会所掌握的学校教育。他认为，这种教育根本不顾儿童的心理特点，强迫地向他们灌输各种烦琐知识和空洞的宗教神学教条，鼓吹盲目信仰和崇拜权威的蒙昧主义。它扼杀人性，窒息科学，严重地摧残儿童的身心健康，束缚他们的个性发展，阻碍他们的个性解放。他指出，由于现有的教育是在堕落的社会中，由堕落的人来实现，所以它必然是坏的。卢梭在《爱弥儿》上卷中，就开宗明义地写道：“出自造物主之手的东西，都是好的，而一到了人的手里，就全变坏了。”卢梭鉴于封建教育残害人性，违反自然，而提出“自然教育”的理论，主张在自然条件下，遵照儿童的本性，来向他们进行教育。卢梭针对中世纪经院学校教育严重脱离实际的现象，提出重视实践的作用，积极主张把教育同生活实践密切结合起来；针对学校那种呆读死记、机械训练的教学方法，主张必须抛弃这种陈旧的方法，而代之以新的方法，即自然的方法；针对封建教育的惩罚制度，提出了“自然后果”的原则，对儿童所犯错误或过失不要直接加以制止或惩罚，而应该诱导他从自己所犯错误的经验中获取教训，意识到个人行为的“自然后果”，从而使他自觉地、主动地改正错误；还针对封建贵族、特权等级攫取别人劳动成果的不合理现象，主张对儿童进行劳动教育。他认为劳动是每个人应尽的社会义务，通过劳动学会谋生的手段，不去过那种依靠高官厚禄的寄生生活；主张对青年进行道德教育，培养他们的善良情感，等等。卢梭提出向儿童进行适应自然发展过程的“自然教育”，把他们从恶劣的社会影响下拯救出来。所谓自然教育，就是“按照孩子的成长和人心的自然的发展而进行教育”。这就是说，在教育儿童的时候，应该服从自然的永恒法则；遵循自然赋予他们的本性，考虑他们的年龄特征，听任他们的身心的自由发展。自然教育的手段就是生活和实践，自然教育的方法就是采用实物教学和直观教学法。他说，只有一门学科是必须教给孩子的，这就是做人的天职，而教师的职责即在于指导孩子怎样做人，使他们不至于被种种欲念或偏见拖进社会生活的漩涡，而成为在一个理想的社会中具有公民品格的人，为公共利益而工作，而献身。
卢梭指出，儿童生来是软弱的、一无所有的和愚昧的，他们需要力量和帮助，需要判断能力。在他们出生时没有的东西和在长大时所需要的东西，全部要由教育赐与他们。儿童的教育有三个来源：或受之于自然，即自然的教育；或受之于人，即人的教育；或受之于事物，即事物的教育。卢梭认为，教育是一门艺术，它的成功就在于必须把这三种不同的教育配合一致，使人的教育符合于自然的教育，并要利用事物的教育。自然教育的宗旨就是以发展儿童的天性为中心，按照儿童的心灵的自然进程和特点，通过恰当合理的教育方式，使儿童的身心得到自由而健康的发展。
在卢梭的自然教育理论中，还有一个重要问题就是教育的阶段论。卢梭按照儿童的个性和年龄特征，把他们受教育的过程划分为四个阶段，并提出了对不同年龄阶段的儿童进行教育的原则、内容和方法。
卢梭提出的按年龄特征分阶段进行教育的思想，在教育史上是有其历史的进步意义的。他的关于遵循儿童的自然发展过程进行教育的思想，关于通过体育教育、感官教育、智育教育、劳动教育、道德教育使儿童的身心全面发展的思想，关于把教育同生活和实践密切联系起来的思想，关于教师应当以自己的良好行为为学生树立榜样的思想，以及主张用实物教育和直观教学的方法等等，都有着积极意义，并对后人有某些借鉴作用，是教育史上一份宝贵遗产。卢梭的教育思想是具有广泛而深远的影响的。他的教育学说是对封建教育制度和教育理论的有力批判，歌德称卢梭的《爱弥儿》这部著作为
“教育的自然福音”，它所论述的教育理论，在教育史上引起了一场伟大的革命，给后人以很多有益的启发。因此，对于卢梭教育思想中的宝贵遗产，我们应该用马克思主义的观点进行分析研究，并批判地加以继承。
文学方面：
卢梭除了在上述领域、特别是政治方面有突出的贡献和影响之外，在文学方面也是相当突出的，甚至有人认为是最突出的。他是世界著名的文学家，在世界文学史上早已占有一席之地，而他的传世之作中也是文学作品居多，如《新爱洛伊丝》、《爱弥儿》、《忏悔录》、《漫步遐想录》等，多列入古典文学名著丛书翻译出版。在他生前创作实践中，有一种很有趣的现象：他的学术著作和文学作品往往是交替问世，当他的学术著作引起争论或受到批评攻击的时候，而文学作品又往往受到喝彩和嘉奖。其实他的文学作品和他的学术著作的精神实质是一致的——都是反对封建**制度的，可见他的文学作品的艺术魅力把人的尖锐目光“柔化”了。
《新爱洛伊丝》（书信体小说），还未正式出版就在读者中传抄了。这最先的读者首先是宫廷中人物及贵族小姐、夫人等，其反响几乎是一致的。小说的内容是：借用12世纪青年女子爱洛伊丝与她的老师阿卜略尔的爱情故事，写18世纪法国一对青年人朱丽和圣普乐的爱情悲剧。圣普乐是一个平民知识分子，在贵族家担任家庭教师，和他的学生贵族小姐朱丽发生了恋情。朱丽的父亲等级观念很深，仅仅因为这个青年不是贵族出身，不许朱丽和圣普乐结婚。圣普乐被迫离去，朱丽也被迫嫁给一个贵族。圣普乐和朱丽再度相逢时，两个人都非常痛苦，不久朱丽重病而亡。卢梭对这个恋爱悲剧倾注了全部的同情，把这对青年人的爱情表现写得真挚动人，合情合理。但是封建等级制度阻碍他们结合在一起，成了他们不幸的根源。在小说里，卢梭站在资产阶级人道主义立场上提出了以真实自然的感情为基础的婚姻理想，批判了以门当户对的阶级偏见为基础的封建婚姻，并通过这个爱情悲剧对封建等级制度发出了强烈的抗议。小说的情节进展缓慢，故事在人物的通信中展开，书信体的形式使作者有可能对主人公大量倾诉自己的感情，对自己在爱情不自由的处境中的种种痛苦作细致的刻画和尽情的渲染，因而整个作品充满了反封建的激情，竟打动了那么多不同身份的人！一位德国评论家说：“通过《新爱洛伊丝》的范例，18世纪资产阶级小说才达到了一个更高的美学境界。”
《爱弥儿》和《新爱洛伊丝》大不一样。这不能说作为文学作品的《爱弥儿》缺乏艺术魅力，而是作品的题材、格调、表现形式等等各不相同。《爱弥儿》的副标题是《论教育》，可以看作学术著作，但它的教育对象爱弥儿是个虚构的人物，对这个虚构人物教育的过程也是一种设想，所以也说它是一部讨论教育问题的哲理小说。这种介于学术著作和小说之间的形式就是独特的。卢梭要在这本书里着重表达他的教育思想和对封建教育制度的批判态度，其尖锐程度是一目了然的。卢梭在这部作品里认为，教育的目的是造就有用人才、防止人在恶浊的环境中变坏；穷人接近自然，没有进行教育的必要，富人的阶级偏见背离自然状态，必须进行教育。卢梭有意把爱弥儿虚构为一个贵族子弟，在他的教育下成长，这意味着他把贵族阶级视为必须加以改造的对象。他对爱弥儿的教育，处处针对这个阶级的种种恶习和偏见，让爱弥儿远离城市住在乡下以避免奢腐风气的影响，不允许爱弥儿读帝王将相的历史以免受其毒害；他厌恶贵族阶级的矫揉造作，要求爱弥儿养成朴实自然的作风；他针对封建**制度的精神奴役，培养爱弥儿崇尚理性、独立思考、决不盲从；他以封建等级观念为对立面，教育爱弥儿具有民主思想，对普通人“富有同情”；他厌弃使人脱离实际，养成寄生习惯的贵族教育，培养爱弥儿热爱劳动、掌握劳动技能，成为自食其力的劳动者。他还强烈反对贵族阶级和反动教会对儿童进行宗教毒害、煽起宗教狂热，反对用统治阶级的道德礼教去束缚儿童的思想。这样激烈的反封建精神，触怒了封建统治当局和教会是不奇怪的。但是书中对受教育的儿童的态度却是十分感人的。那样宽厚雍容的态度，那样喃喃自语似的轻柔的口吻，那样在每一个细微之处都为孩子想到的拳拳之心，构成了另一种风格，形成了另一种情调，这也是卢梭所独具的。
《忏悔录》是卢梭又一部影响巨大的作品。本来是他晚年遭到诬蔑、诽谤后被迫写的自传，因为写得坦率，“完全按本来面目把自己表现出来”。这种大胆把自己的**公之于众，承认自己产生过卑劣念头，有过下流的行为，把他着手写这本书之前的50年的经历如实道来，结果书中的主角便成为世界上绝无仅有的一幅完全依据本来面目和全部事实描绘出来的人像。人能够坦诚至此，仅此一点，便抓住了读者。何况他是文章的高手，书中对自然美景的描绘，对坎坷经历的述说，对内心世界的剖析，使这部自传成为极富思想性和艺术性的文学作品，被后人看成是一首抒情诗，一首世界文学中最美的诗，它成为文学史上独树一帜的标志。
《漫步遐想录》是卢梭最后一部文学作品，是《忏悔录》的续篇，是最能反映他孤独的晚年那种既宁静又有些飘忽不定心境的随笔。共10篇，从漫步之一到漫步之十，无预定顺序，内容不连贯，或叙事、或回忆、或申诉、或表达内心感受、或抒发情怀，但都是他漫步时遐想的记录，是他心灵的声音。正如罗曼·罗兰所说：“这部最后的《遐想》，很像一只老而忧郁的夜莺在森林的寂静中唱出的美丽的歌曲。”的确，卢梭已入老境，他这个“被排除于人类社会之外的不幸者”，很像落入寂静森林的夜莺，仍然唱出美丽的歌曲。他在《漫步之七》中写道：“……任何与我**的利害有关的事，都不会在我心中占据真正的位置。只有当我处于忘我的境界时，我的沉思、我的遐想才最为甜美。当我跟天地万物融为一体，当我跟整个自然打成一片时，我感到心醉神迷，欣喜若狂，非语言所能形容。”“有时，我的遐想最终转为默想，但更多的时候则是默想转为遐想；在这样的神游之中，我的心乘想象之翼在宇宙间徜徉翱翔，欣喜若狂，其乐无穷。”由此可以看到，在这部作品中的卢梭是处于最纯真状态中的卢梭。这部作品是他跟自己的心交谈的产物，是对自己心灵的分析和解剖。作品中他不加修饰的淳朴，无可怀疑的真诚，不再被论战和热情所激动的才智，都是它的魅力所在。
卢梭的文学作品具有鲜明的个性特色，他崇尚自我，抒发感情，热爱自然，被公认为19世纪欧洲浪漫主义文学的先驱。许多著名诗人、作家都受到
《漫步遐想录》的影响，诸如歌德、雨果、乔治·桑，甚至连俄国大作家托尔斯泰也声称是他的门徒。