别人的赞扬，够了，关于可尊敬的 ‘我’已经太多了。” 达尔文一生中最后10年，他的健康状况比以前有所好转：他已能像从前那样不间歇地工作，已不觉得他通常所感到的那种午前的疲倦或身体不适。最后几年他是在他所信任的和能使他焕发朝气的医生恩德留·克拉克的看护之下生活的。不过看得出来，他的体力已在下降，而且他在给自己朋友的一些信中抱怨说，他已无法开始进行预计要用整整几年时间才能完成的新的考察，然而这些考察却是惟一使他感到快乐的事情。
1881年7月，他从乌尔苏奥捷尔回来后，就给华莱士写信道：“……
我不能去散步，一切都使我疲倦不堪，即使观赏风景也是如此……我将怎样利用这有生之年呢，我愿周围的人都能幸福，但生活对我已变得异常艰难了。”
1881年秋，他大量研究了碳酸氨对植物的根部和叶子所起的作用，但是到了年底，他的颓丧情绪又加剧了。
1881年12月13日，他到自己女儿亨里埃塔（嫁给利奇菲尔德律师）
家里去。在那里，他想拜访罗马内斯，可是在楼下他的心脏病猝发了。
1882年1月末，他的病情加重。在2月末和3月初，心脏疼痛更加频繁，而且心动过速几乎每天都出现。3月8日，当他沿着他所喜爱的沙径散步时，他的心脏病又猝发了，他勉强走到家门口。从此他就不敢远离家门了。3月10日，恩德留·克拉克医生来给他看病，但因为就医的人很多，他不能经常去给达尔文诊病，所以由其他的医生继续为达尔文治疗。达尔文感到身体特别虚弱，已经无法工作。但这种状况逐渐过去，他又能同埃玛一起坐在自己的花园里赏花，倾听鸟鸣。
他的老朋友赫胥黎特别热心关照，希望所有的医生能经常对达尔文进行精心的护理。
3月27日，达尔文给他写信说：
亲爱的赫胥黎：
您那封极亲切的信对我确是一种强心剂。今天，我觉得比过去的3个星期要好一些，而且现在我也没有感到任何疼痛。您的计划看来是非常好的，所以，如果我的健康会大大好转的话，我将要谈到它。克拉克医生对我是无比亲切的，请他再来一次就好了，但是他太忙了。亲爱的老朋友，请您再一次接受我的诚挚的谢意吧。
我诚恳地希望，世界上再多一些像您这样的 ‘自动物’就好了。 永远是您的达尔文
最后这句话幽默地暗指赫胥黎的演说《论运行是自动物的假说》，这个演说是他1874年在贝尔法斯特英国科学协会的会议上发表的。
4月15日，达尔文在进晚餐时突然感到晕眩。他想走向沙发，可是却浑身无力地倒在地上。只要身体不适，他就喜欢躺在客厅的沙发上，眼望摆放着古董和挂着图画的那个角落。17日，他的病情再度好转，他的妻子在日记中写道：“天气晴好，他做了一些轻微的工作，两次在户外，即在花园里散步。”18日夜，子时左右，他感到身体严重不适，并且昏倒了。苏醒过来后他叫醒妻子。大概感觉到死亡逼近，他说道：“我一点也不怕死。”还对妻子和孩子们说了几句温存的话：“只要一有病就受到您的服侍。”“告诉孩子们，他们一向对我和善。”他于 1882年4月 19日 4时左右逝世，终年 73岁。
达尔文的妻子想把达尔文葬在唐恩，可是达尔文的朋友们却坚持要把达尔文隆重地安葬在西敏寺。扶柩的人是：英国著名科学家虎克、赫胥黎、华莱士、皇家学会主席拉卜克以及其他一些名流。参加葬礼的人还有英国、法国、俄国、德国、意大利、西班牙和美国的科学学会代表，达尔文的家属和达尔文的许多亲属都参加了隆重的葬礼。
达尔文毕生用毅力和行动实践了“我生来就是博物学家”的预言。