为我们本身的结构和我们周围所有动物的结构是预想出来以模糊我们理性的陷阱。”
从第一章最后一句话中，可以感觉到他自豪地认识到，他的理论在10年的斗争过程中。在认识上有了很大的转变。他说：“这一时刻即将来临，那时大家会认为，熟悉比较解剖学，熟悉人及其他哺乳动物胚胎学的博物学家们，居然会容忍每一个动物都是上帝逐个创造出来的这种想法，这是不可思议的……”
决定人类起源的因素和原因，也就是决定其他动物的起源的因素和原因，这是关于人类由某种低等生物发展来的方式这一章的基本思想。
人也是有动物那样的特征变异性和遗传性。人的变化规律也就是达尔文已指出的家养动物和栽培植物所具有的变化规律。和动植物的变化一样，达尔文很少把人类的变化归之为受条件直接而又明显的影响，只是容许这些条件能引起“数量几乎是无法确定的不稳定的变化”，使生物体达到一定程度的可塑性罢了。
这里达尔文也详细地研究了其他变化因素：器官的使用和不使用，发展的中断，作为畸形返回到从前的类型，例如妇女和男子多余的乳腺，双角子宫或者甚至是颌上部分开的，裸露出来的獠牙等等。然后他又谈到变化的相互关系，谈到人类增殖的速度，最后谈到自然选择。靠自然选择不仅得出身体构造上的特征，而且还得出智能和共同的本能。智能使人的语言发展得越来越清晰，使人发明生产工具、交通工具 （船、木 筏）和取火技术。达尔文补充说：“我不明白为什么华莱士先生主张通过自然选择野人只能得到一个比猴子稍稍发达的脑子！”
接着，达尔文以其非凡的智慧，发展了关于人的手和腿的构造在生存斗争中能取得胜利的作用的想法。他坚持这样的看法，为了把石块或梭镖准确地抛出去，或者用石头刻制出笨重的工具，必须做一些复杂而准确的动作，这就要求大量的肌肉有完全充分的适应力。紧接着他断言，人的手对这些动作有惊人的适应能力，而且这种适应性人类的祖先也能做到，但是必须把手从行走、支撑身体和爬树的动作中解脱出来，也就是说，过渡到只用两条腿挺立，这就引起后肢也要有所变化，即后肢要发展站得稳的功能，失去抓东西的能力。人体直立的姿势也就导致了一系列解剖学上的其他变化，导致了脊椎要有特殊构造，骨盆加宽，脑和颅骨的体积和重量的增加等等。
所有这一切，都是达尔文在细致地比较了人和类人猿的四肢和牵动四肢的肌肉的构造，比较了他们这些器官的功能之后得出来的，因此毫无疑问，他驳斥了华莱士论据中说明人的手是按天意特殊发展起来的那个论据。但在这里没有提到华莱士的名字。然而当时达尔文在一些人的文章的影响下，对承认他的主要进化因素——自然选择——在人的身体特征形成时的作用范围究竟有多大这一点有点犹豫不决。他承认，有许多形成物对有机体既无益也无害；诚然，他当时坚信，许多在我们看来是无用的形成物，将来可能是有用的，因此它们也将承受到选择对它们所起的作用，但是不管怎样，自然选择原则，在该实例的应用范围内，对他来说，仍然是模糊不清的。
最后，当谈到自然选择对人的关系时，他强调说，对人和对所有其他社会动物一样，自然选择也间接地影响了一些单独的个体，保存下来的只是那些对全社会有益的变化物。
专门对人和动物的智能进行比较的那几章的主要思想是什么呢？达尔文证明说，他们之间尽管差别很大，但还只是数量上的，而不是质量上的差别，而且存在无数的过渡形态。
在这种情况下，达尔文主要不是要指出在人的心理和行为中存在的他在过去更低级状态时所留下来的那些痕迹，而是要确认，动物的智能比人们所想象的要高。遗憾的是，达尔文在这里没有表现出他通常所有的谨慎态度，他也没有对他列举的事实和引自权威的资料作必要的审查和公正的分析。因此，达尔文在遵照普舍的观点时说道：“具有最出色的本能的昆虫自然是最聪明的。”当他引用“卓越的”观察家胡伯尔的著作时，他认为，昆虫是互相嬉戏的，因为胡伯尔看见过“蚂蚁竞跑，一边玩，一边像小狗似的互相咬着”。下面我们将看到，达尔文本来还打算把无脊椎动物体系中比较低等的蚯蚓也说成是有智慧的。
达尔文没有对自己提出低等动物的智能最初是怎样发展起来的这个向题，就像他在《物种起源》中没有对自己提出生命的起源和本能的由来这个问题一样。因为他认为，“如果只是在某个时候，人们命中注定要解决这些问题的话”，那么这些问题也是遥远的未来的任务。但是他却引用了人和低等动物同样的感觉器官，引用了某些共同的本能，如自我保护、**、母爱、婴儿吸吮奶汁的本能。达尔文在仔细研究本能和智慧的相互关系时，和往常一样，列举了能说明这种相互关系的不同意见的各式各样的大量事实，他没有对这些意见做出千篇一律的解答，相反，正如在《物种起源》里所说的一样，他认为大多数复杂的本能，是在自然选择的影响下，从很简单的本能发展而来的，并不取决于智慧的发展。另一方面他认为，简单的、下意识的机械的动作有可能被特别的、经过深思熟虑的、有毅力的动作所代替，反之，他也认为由于经常的反复，深思熟虑过的动作也有可能变为本能的动作。
在《人类的起源及性选择》中，有一个句子非常有趣，它谈的是关于达尔文对当时复杂而又艰难的问题的唯物主义态度。对这个问题他在这里作了细致的研究。这句话是：“关于大脑的情况我们了解得很少，但是从智能能够达到很大的发展这个情况来看，我们有权认为大脑各部分之间存在着很细的连接线，很可能，由于这一缘故，每一个单独的部分，就能渐渐地丧失以某种单调的 （即本能的）方式来感觉和联想做出 回答的能力。”
看来，达尔文想用这一点来给自己解释人的记忆、预见、思考和想象作为基础而发出的动作同动物完全类似的本能动作之间的差别。他说，人应该学会自己的工作，例如造出船只，制出石斧，如同蜘蛛能立刻巧妙地结出蛛网，海狸能构筑屏障物，鸟能筑巢一样。
然而在把最接近人的动物，特别是猴子的行为进行比较时，达尔文断定，不论在本能 （母爱）的表现方面，还是在智慧、情感、模仿、注 意力、想象力、记忆力等等的表现方面，都有许多相似之处。
接着，达尔文极力反驳，或者至少减弱了各式各样的作者谈到的人和动物两者在智能上存在分界线的意见；反驳了只有人才能得出抽象的概念的观点；说明某些动物也能在各种情况下发出各种声音来和同伴交流。也就类似人类的语言。他还反驳了只有人才有美的感觉的意见。对于宗教界作者认为人跟动物截然不同的特征是信仰上帝，达尔文也做出了唯物的解释。
最后，许多作者把道德感、责任感或良心的存在，当作人跟动物之间最明显的差别。达尔文也讨论了这一问题，并做了如下推论：
一、任何社会动物都具有“共同的本能”，对同伴的同情心，并有给予他们帮助的热烈愿望和决心；
二、在智能增强的情况下，如果其他的本能暂时妨碍共同本能的表露，那么在共同本能得不到满足的情况下，社会动物应该感到强烈的不满，达尔文认为，良心就是由此而来；
三、在言语的发展的情况下，社会舆论依靠对自己人的本能的同情，对公共福利来说，应该成为衡量行为的最强有力的尺度；四、这些共同本能和动机，为服从团体的愿望和意见这一习惯所巩固。
达尔文反对道德的基础是利己主义的观点，他认为不经考虑就以一定的方式为公共福利去行动的“共同本能”才是道德的基础。
达尔文在第六章中，确定了人在动物体系中的位置。他认为，人按其身体特征来说，是属于旧大陆狭鼻猿类的，因此不应该把人归为一个完整的亚目，而是较小的差级，即科，甚至是亚科。
关于人种起源的问题，达尔文对它做了完全独创的解答。在这里，他用“性选择”原则做了解释，而这一原则是他早就用来解释动物的第二性征的起源问题。他本人承认，这是一个一向引起他极大兴趣的问题。
他把“性选择”原则归结为：性选择的原因就是雄性在为占有雌性而发生的争斗中的竞争，在这一竞争中取得胜利的，是在争斗中战胜其他雄性的雄性，或者是对雌性更有吸引力的雄性。
他的结论是：“在所有对各人种之间以及在某些程度上对人和低等动物之间的外表差异起作用的因素之中，性选择是最积极的因素。”
人类起源于某种低等生物，人类和其他哺乳动物的祖先是共同的，人类各种族也是有其共同起源的，这就是达尔文《人类的起源》的结论。
他在最后一章中概括道：“上述观点中有许多观点是很抽象的，有一些观点无疑将是错误的。但我在每一个个别的场合下，都说出促使人在两个看法中更赞成某一看法的原因。我认为：要下功夫研究，逐渐发展的原则究竟能在多大程度上阐明人类自然史中一些最复杂的任务。错误的事实对科学的成就极有害，因为它们有时能够在人们的脑里盘踞很长时间，但是，由一定数量的实际论据维持的错误观点，带来的害处就不多，因为每一个人都可以满意地找到证明错误观点的虚伪性那种有益的东西。一旦错误观点的虚伪性被证实，导致错误的道路也就常常被堵塞，而且有时通往真理之路也就同时被打开。”
达尔文以自己的毕生精力，打通了人类认识世界的进化的道路，通过对自然界的探讨，认识了人类本身，在他身后，越来越多的事实补充、完善了他所创立的进化学说，时至今日连教皇也有条件地表示了接受进化的观点。这已经是达尔文逝世154年以后了。