对象、参数和控制要求及监督检查内容，并体现相关法律、法规的要求。针对企业所购买和使用的物资、设备和服务中已标示的职业健康安全风险，应制定管理程序，并通报相关方。重要风险岗位应根据相关程序内容，制定和实施相应的三级作业文件。运行控制程序包括：设备、设施管理；电及电气设施管理；员工健康及女工保护管理；劳动防护用品管理；油品及化学品管理；特种及危险作业管理；饮食卫生管理；车辆及运输管理；供方管理；承包方管理；新、改、扩项目管理等。
2.应急程序文件
依据辨识和评价出的紧急情况，编制应急预案与响应程序。程序应包括：确定应急情况，设立应急指挥、交流、抢救组织架构和职责，编制预案，配备应急物资，应急处理、善后处理、应急宣传、程序评审的更新。发生事故后，应先启动应急程序，对事故进行紧急处置，处置结束后转入下一个程序，即事故、事件、不符合、纠正和预防措施控制程序。
2.体系文件的编写
企业可根据具体情况采用简便、实用的文件结构，一般而言是把OHSAS文件分为三个层次：管理手册(A层次)、程序文件(B层次)、作业文件(C层次)。
(1)管理手册
管理手册是根据OHSAS规范及本企业职业健康安全方针、目标全面地描述本企业OHSAS的文件，集中表述本企业的OHSAS保证能力。OHSAS管理手册的内容通常包括如下内容：方针、目标和管理方案，OHSAS管理、运行、审核或评审工作的岗位职责、权限和相互关系，关于程序文件的说明和查询途径，关于手册的评审、修改和控制规定等。
(2)程序文件
程序文件是根据本企业OHSAS管理手册的要求，为达到既定的职业健康安全方针、目标，用以描述实施OHSAS要素所涉及的各个职能部门活动的文件。程序文件可供各职能部门使用。
(3)作业文件
作业文件是根据手册和程序文件的要求，描述具体的工作岗位和工作现场如何完成某项工作任务的具体做法，是一个详细的工作文件，主要供个人或小组使用。这类文件有些是在体系运行时根据需要不断产生的。
3.运行与实施
体系文件的发布标志着体系的正式运行。文件发布不仅是一种形式，它要求企业的各部门严格遵照执行。企业应对涉及职业健康安全管理的各级管理人员、操作人员、监督人员进行培训，使其具备相应的能力，了解自身的职责和要求。人员培训包括最高管理者、管理者代表、各部门管理人员、重要岗位人员、内审员、新员工、一般员工和相关方的管理人员。充足的资源配置是体系运行的基本保障。健康安全成本的投入得到的回报是长久的效益，企业的最高管理者应为体系的有效运行提供人力、财力的保障，而各级管理者提供专项技能和技术支持。
4.体系运行检查、评审
通过实施绩效监测测量程序，企业可对各部门日常体系运行情况进行检查，检查内容包括目标、指标的完成情况，运行控制程序执行情况和法律法规遵循情况。通过实施内审程序，企业全面检查职业健康安全管理体系是否满足标准所有要素的要求，并重点检查体系的有效性、适宜性。最高管理者主持实施管理评审，全面对体系的充分性、适宜性、有效性进行评审。评审的主要内容包括：
目标、指标、管理方案的合理性及完成情况；
组织机构设置的合理性；
职责的落实情况；
资源配置的充分性；
重大风险的控制情况；
方针的适宜性；
相关方的观点；
内审的充分性及有效性；
法律、法规的符合性。