但拿破仑在岛内可以自由活动。在他初到这里的几年中，他曾长时间地向自己的随从回忆自己的一生，反思他的百日统治，总结他经历过的大仗的经验与教训。他过着俭朴的生活。在他来到圣赫勒拿岛的第二年，英国缩减了他的生活津贴。拿破仑不得不出售银器以维持生活。
自1817年初，拿破仑的健康一直不佳。到1821年，他已百病缠身，并被怀疑得了癌症。1821年5月5日下午6时，52岁的拿破仑在长时间的昏迷之后与世长辞。他的仆人把自己所保存的、拿破仑在1800年6月14日马伦哥战役中所穿的大氅盖在他的身上。弥留之际的拿破仑说出的最后一句话是：“法兰西……军队……冲锋……”
在拿破仑辞世近20年后，1840年12月15日，他的遗体被运回巴黎安葬。又一个20年后，1861年4月1日，作为法国最伟大的英雄，他的灵柩被安放在巴黎荣军院的圆顶大堂中。在他灵前的墓碑上刻着他遗嘱中的一句话：“我希望能够把我的骨灰安葬在塞纳河畔，安葬在我如此热爱的法国人民中间。”
今天，在巴黎市中心，在巨大的旺多姆圆柱顶端树立着拿破仑的铜像（用他缴获的大炮制造）：头戴桂冠，一手持王笏，一手持金球。拿破仑梦想中那备受争议的法兰西帝国最终没能成为现实，但他为法国带来的荣耀却同他的巍巍战功一起被历史永远铭记，一如他的塑像永远地耸立在他的祖国法兰西的心脏——巴黎。