《徐霞客游记》的版本和流传过程都很复杂，有抄本和刊本两个系统，每个系统下面又有很多种，我们在这里只择其要者作较简单的介绍。
一、抄本系统
1.季梦良抄本（一），不传。
季梦良是徐霞客家的塾师，也是徐霞客的好友。季梦良是第一个全面整理徐霞客游记的人。其《序》说：“余时就榻前谈游事，每丙夜不倦。既而出箧中稿示余日：‘余日必于有记，但散乱无绪，子为我理而辑之。’余谢不敏。霞客坚欲授余，余方欲任其事，未几，而霞客遂成天游。夫霞客之事毕矣。而余事霞客之事犹未毕也。迨其后，纪尽为王忠纫先生携去，余谓可以谢其事矣。忠纫之任福州，仍促冢君携归。冢君复出以示余日：‘非吾师不能成先君之志也。’启箧而视，一一经忠纫手较，略为叙次。余复阅一过，其问犹多残阙焉。遍搜遗帙，补忠纫之所未补，因地分集，录成一编，俟名公删定，付之梓人，以不朽霞客。余不敢谓千秋知己，亦以见一时相与之情云也。”也就是说，徐霞客旅游途中天天写有游记，但未加整理。从云南病归之后，卧床不起，在病中将整理游记的事托付给季梦良，不久即病逝。后来徐霞客另一个朋友王忠纫从季梦良处拿走游记的所有手稿。王忠纫对手稿作了初步的整理和编辑之后，要去福州赴任，临行前将手稿交给徐霞客长子徐屺。徐屺又将手稿交给季梦良，希望他能完成徐霞客的遗愿。季梦良发现王忠纫核校过的稿子仍有很多遗缺，于是遍搜散稿，尽量补齐，并按游历之地分集，抄录了一遍。这是《徐霞客游记》第一次成书，季梦良的序写于壬午即崇祯十五年（1642）腊月十六日，离徐霞客去世将近两年。
2.季梦良抄本（二），残本五册存北京图书馆。
清顺治二年（1645）三月，清军屠江阴城，徐屺遇难（一说徐屺死于家中“奴变”），游记原稿被烧毁，季梦良抄本亦散失。季梦良再次搜集整理，但已缺《滇游日记》首册。现存各册均有“虞山毛晋”、“汲古后人”、“莫友芝图书印”、“莫绳孙印”、“吴兴刘氏嘉业堂藏书”等印记，说明此书曾为汲古阁、莫友芝、刘嘉业等收藏，于建国后转入北图。据钱谦益《嘱徐仲昭刻游记书》及《嘱毛子晋刻游记书》推断，此本即由徐霞客族兄徐仲昭送往汲古阁的抄本。钱氏绛云楼于顺治七年（1650）十月失火，徐仲昭于顺治十年（1653）去世，因此，此本流入汲古阁时间当为顺治七年十月以后至顺治十年。
季梦良以“一时相与之情”而不辞辛劳，两次搜集整理抄录游记，成就霞客遗志，实在可谓“千秋知己”。
3.史夏隆抄本，不传。
史本没有流传下来，仅存史夏隆的一篇序言。《序》云：“今所存《徐霞客游记》四册，同里曹生学游购为枕秘，余屡购不得。至丙午而得之，方快披阅，而草涂芜冗，殊难为观，须经抄订，方可成书。即录其四之一，偶尔搁笔，忽忽二十年，每一检书，心为快怅。计图完善而眼愈昏，手愈懒，年愈迈。今且七十二矣。偶友人谈及未见书，因出记以示。友人雅兴，愿代抄之，终难托两手，遂鼓腕拭目，日限一篇，凡九阅月而告竣。更念霞客一生心血，走笔成书，五十年后，予为脱稿。人置之，则废纸也；家存之，则世珍也。适儿辈赴试澄江，命访其子若孙而畀之，奈沦亡凋落，不可问。余方浩叹，一片苦心，未完胜果。忽吴子天玉以善青囊术游四方，归而过我，问案头何抄？余示以书，且告书故。吴子跃然曰：‘今日之来，正为此书。霞客尚有子也。幼遇乱出亡，冒李姓，有父风，素与相善。方遇江干，嘱往曹室访此书。曹已亡，曹家马然不知所答。今过先生而得其书，是天假先生以成霞客之畸也。’遂于甲子年清和月，率其子拜授原书。”后来杨名时发现史抄本有许多错讹和删减倒置之处，因而斥其为天下率意改窜文字者之鉴。但是，从《序》中我们得知，史夏隆从曹学游处得到游记四册，断断续续抄了四分之一。为了使徐霞客其人其事其书得以传世，在七十二岁高龄的时候，下定决心，连续花九个月的时间，鼓腕拭目，将其抄完，并千方百计寻找徐霞客后人，无论如何，这片苦心，这番高义，是应该受到尊重的。
4.徐建极抄本，共六册，曾先后为邓之诚、谭其骧先生收藏，今存邓克先生处。
徐建极（1634~1693），字五征，号范中，为徐霞客长子徐屺之子，是徐霞客最钟爱的两个孙子之一。徐霞客西游归来，在病榻上给徐建极和徐建枢兄弟讲旅途的种种奇遇，与他们一起摩挲玩弄从云南带回来的大理石、奇树、虬根等。并告诫他们：“男儿当奋志勋名，立功万里外，缨名王之颈，镌燕然之石而归耳，奚以此区区者为。”（《民谱》卷55《传文》之《世系表·廪彦范中公传》）徐建极出生时，徐霞客同日接到好友文震孟、陈仁锡、黄道周等五位翰林的书信，非常高兴，说：“是儿必能光大吾家。”徐霞客在鸡足山曾为好友唐泰后继无人而忧虑，他对自己儿孙的期望可想而知。徐霞客认为，男儿应当有青云之志，立功万里。可见他并不像一般隐士那样主张消极无为，只不过他追求的不是世俗功名。
据《廪彦范中公传》，徐建极“构讼之明年”，一个姓刘的督学江南，刘博学嗜奇，曾在钱谦益《初学集》中见到《徐霞客传》，非常艳羡，访查其后人欲得游记，徐建极于是抄了一本呈送。邬秋龙先生考证，“构讼”之事即顺治十八年（1661）的“奏销之祸”，徐建极受牵连而耽误功名。据此判断，徐建极本应抄于康熙元年（1662）。起自崇祯十一年（1638）三月二十七日，迄于崇祯十二年（1639）九月十四日，内署“江上徐弘祖霞客甫著，孙建极录”。不分卷，未列细目。体例和季本（二）一致。
5.李介立抄本，不传。
李介立（1628~1700），为徐霞客第三子，其母周氏为徐霞客妾，不容于正妻而带着身孕被逐，改嫁李氏，故名“寄”，并因介两姓而历两朝，故字“介立”。徐霞客的四个儿子中，