慈禧唯一的儿子同治帝于同治十三年十二月初五（1875年1月2日）崩逝。为继续操纵朝廷大权，慈禧选了同治同辈、年仅四岁的载湉即光绪帝继承皇位，然后以皇太后的名义继续垂帘。
光绪的父亲是咸丰七弟醇亲王奕譞，母亲是慈禧亲妹婉贞。四岁的光绪连夜被宫中法驾迎入大内。第二天一大早，又被太监摆布着进出一座座宫殿，拜见东太后慈安，拜见西太后慈禧，拜见同治后嘉顺，最后被带到东暖阁跪拜同治遗体。面对先帝灵床，四岁的光绪号啕大哭，又蹦又跳，以致需好几个太监将他死死按住，才能抑制他“过分的悲伤”。光绪天性文静，这进宫后第一次失常态的大哭，不会是出于“过分的悲伤”，而是出于受了过分的惊吓。恐惧感，为他以后三十四年的与慈禧相处的生活奠定了基调，拉开了他个人性格心理悲剧的序幕。
光绪元年（1875年）正月，太和殿举行新帝登基大典之后，被威严宏大的典礼场面、礼乐礼炮、百官拜舞、山呼万岁折腾得惊魂甫定的光绪，跟随两宫皇太后接见他的父亲醇亲王。一见醇亲王，光绪再也忍不住，两步走到父亲身旁扑通跪下，使劲摇晃他的胳膊，哭道：“阿玛，咱们回家……”可父亲连正眼也不敢看他一眼。一种被冷落、被抛弃的孤独感、恐惧感，使他的眼泪如泉水般涌出，终致无可抑止的号啕。
恐惧，是人生最初、也是最深刻的体验。现代心理学认为，恐惧的对象、程度，与年龄和对世界的认识有密切关系。在陌生的环境中，特别是三四岁的小孩，非常容易产生强烈的恐惧感。一般情况下，人的恐惧感产生在一定环境内。事过境迁，恐惧感消失，心态逐渐恢复平衡。然如一个人对特定的境遇产生了难以克制的恐惧并伴随极度焦虑和回避行为，则证明其患有恐惧症。
光绪是在幼年受到惊吓，产生了恐惧。恐惧严重损毁、抑制了他性格、心理的正常发展，经过时日的强化，逐渐转化成抽象恐惧即对任何事物都惶恐不安的恐惧症。光绪从小的恐惧，正是慈禧带来的。与同治一样，慈禧的阴影笼罩了光绪的一生；也与同治一样，在光绪心中，慈禧是有恩于己的母亲，这就使他的心灵扭曲矛盾，有负罪感。慈禧与同治这对母子的悲剧，又与第二次垂帘相始终，在慈禧与光绪身上重演了。
同治小时候，慈禧在清宫地位尚不稳固。像她这样必欲出人头地的女人，很自然将全副心思用在了咸丰身上，并不关心养育孩子的琐事。她成功了，代价是丧失了亲生母亲与唯一儿子之间那种特有的亲密关系和影响力。同治怕她、恨她，故意与她作对，反倒与性情随和的慈安亲密得像一对母子。慈禧固然是个性情冷酷的“铁女人”，但她毕竟是母亲，不能不承认自己是个失败的母亲。儿子死后，慈禧非常悲痛。《清稗类钞》载，她曾说：“自此我之境遇大变，希望皆绝。”正于此时，瘦弱、敏感、年仅四岁的光绪进宫。光绪是她亲妹妹的孩子，长相气质很可能会有与她相似的特征，使她感到亲切。她萌发了重做母亲的想法，试图将小皇帝塑造成自己亲生儿子的化身。
德龄《瀛台泣血记》载，光绪进宫以后，太后反复嘱咐服侍光绪的人天天向光绪灌输：他已不是醇亲王福晋的儿子；他应永远承认太后是他的母亲；除去太后这个母亲，他再没有旁的任何母亲。慈禧则将作为母亲早年未曾给予幼年同治的应有的关怀和照顾，尽数给予了光绪。光绪进宫不久，慈禧便亲自包揽了他穿衣、吃饭、洗澡、睡觉等生活琐事。光绪肚脐有病，慈禧天天给他擦洗身子，衣服一日三换；光绪身体瘦弱，慈禧命御膳房合理搭配荤素，每日改换花样，少食多餐；光绪怕雷，每当闪电响雷，慈禧便让他钻入自己怀中，紧紧搂抱着他，拍他入睡……光绪五岁时，慈禧亲自为他启蒙，写纸片教识字，并口授四书五经。后经反复挑选，最终确定书法学问闻名遐迩的翁同龢为光绪师傅。翁同龢为光绪授课时慈禧多次亲临视察；光绪放学后第一件事是到慈禧宫中向慈禧背诵当日功课。每个女人都有母性，面对幼小单薄的光绪，很难断言慈禧内心不会涌动温柔的波浪。
一位学者用人格心理学分析慈禧和光绪。他说，弗洛伊德认为，人的本能可分为两种不同的范畴：生本能和死本能。一个人如果有杀人**、崇拜暴力、虐待狂倾向，憎恨生活，希望回到无知和原始生活中，把人的价值视为物的价值，即表明这人的死本能占了上风。用弗洛姆的话说，这人具有“恋尸定向”。恋尸定向者的基本作为是控制别人，在控制中摧残生命。慈禧是比较典型的具有恋尸定向的女人。她对光绪的怜爱与关注目的很明确：切断其同生身父母的情感纽带；在他心中树起慈禧是他实际母亲和绝对权威的形象。所以，她虽然没有采取明显的方式伤害光绪，但却软硬兼施，控制他。她多年不让他回家，不让他与亲生父母见面。其母曾多次带着光绪喜欢吃的零食进宫看望，不准，母子唯有号啕。直到多年后其母病危之时，光绪才获准回家探望。她还每日通过跪安向光绪显示威严。无论光绪从课堂里回来还是从温和亲切的东太后那过来，无论他兴高采烈还是踌躇满志，每天都有一个重要节目，就是战战兢兢来到慈禧的处所，下跪请安，面对一张威严死板的面孔，听凭一个自我无法抗拒、至高无上的威权发落。慈禧以为自己无所不能，却没料到她越是性急粗暴地想制服光绪，光绪就逃得越快。光绪首先感到的是恐惧，被每日必有的惩罚吓破了胆。跪安时自然流露出来，慈禧见了更气，更要发泄她的虐待欲，少不得讽刺、呵斥，甚至责打。太监也落井下石，对之进行恶作剧般的刁难。小孩恐惧感本来就强，对温和与凶恶的分辨既清晰又敏锐。光绪自幼瘦弱，又有些神经质，眼前这个凶恶的女人，使他产生毛骨悚然的强烈恐惧感，天天必见的强化，又发展成了抽象的恐惧亦即恐惧症。据载，后来光绪不但到慈禧处跪安时浑身发抖，甚至听到锣鼓、物体碰撞声、吆喝声也心惊肉跳，被称为“小胆天子”。
光绪在少儿时本与慈禧心有所隔，于是更加内向和懦弱。不断遭受的讥讽、白眼、惩罚和虐待，损毁了他的自信心、扭曲了他的性格。自卑、缺乏能力、没有自信伴随了他一生。但皇帝的地位，使他虽然懦弱却有极强的尊严感。光绪对慈禧本能地反抗，最积极的反抗行为便是发奋读书。他走路时、睡觉前都在背诵圣贤之书。慈禧赞他“实在好学”。老臣一致认为他是嘉道咸同以来最勤勉的皇帝。他以发奋读书、确立发展自我、成为有道明君的方式反抗慈禧的虐待和摧残，这就使他行为的另一极是更深重的内疚——不自信、犹豫不决、行为常猝然中止。因而他始终底气不足，做不到使自己的力量强大到可以和慈禧一决雌雄、至少构成反向威胁的地步。
光绪十年（1884年），中法战争尚在进行期间，慈禧与奕譞合作，以迅雷不及掩耳的手段将奕訢为首的军机大臣全部罢黜，代之以平庸的礼亲王世铎及额勒和布、阎敬铭、张之万、孙毓汶等人，醇亲王奕譞“遥总其成”，史称“甲申易枢”。慈禧去掉了政敌，奕譞以为此举为光绪亲政铺平了道路。实际并不尽然。史载奕譞“仪表俊伟，工骑射，负气敢用事，聪颖弗逮其兄訢，爽劲过之”，但他在慈禧面前却只会唯唯诺诺。他从内心希望光绪早日乾纲独断，成为名副其实的皇帝，却又不敢以此触犯慈禧利益，反而对其一味迎和，留下了许多后患。
光绪十二年（1886年）六月初十日，慈禧颁布懿旨，宣布明年为光绪举行亲政典礼。为了进一步加强对光绪的控制，慈禧又强行将自己弟弟桂祥的女儿立为光绪皇后，“一则于宫闱之间可刺探皇帝之动作，一则为将来母族秉政张本。”立后过程，众所周知。慈禧安排了一个由皇帝自选的场面——在她的监视下，让光绪在瞬间从五位女子中选择终身伴侣。五位女子中有慈禧之弟桂祥的女儿，她略显高大，皮肤白晳，长脸尖颌，朱唇皓齿，只是有些倒挑眉；江西巡抚德馨两女，细挑身材，袅袅婷婷，粉面桃腮，大眼睛顾盼生辉；礼部左侍郎长叙两女，年长的举止落落大方，年幼的还只是个十三岁的小姑娘。光绪对慈禧的畏惧是根本性的，要他当着慈禧的面，立刻于不知底细的陌生女子中选择决定自己终身幸福的妻妾，显然过于艰巨，更加加重了他的心理压力，激化了他内心的矛盾——既想获得幸福，又不想招致慈禧反对，而且对自己从来没有信心。慈禧将如意交给光绪，以热切的目光高深莫测地扫过光绪的脸，重复着当年对同治说过的话：皇帝，你可想好了，瞧中了谁，便把如意给她吧。光绪脸一红，口称“儿子的婚姻大事，但凭皇爸爸做主”。慈禧微笑着点了头，却故作开通之态，几次三番鼓励光绪自选。光绪从将信将疑到有些信以为真，脸更红，迟疑了一下，向德馨那对美丽娇艳的姐妹花走去。正在这时，慈禧在光绪背后以气急、责难和威严的口吻大叫一声：“皇帝！”光绪本能地打个寒战，惶恐回身，只见慈禧沉下脸、拧着眉，向自己用眼神示意桂祥之女叶赫那拉氏。光绪出了一头冷汗，精神紧张到了崩溃的边缘。他感到疲倦已极，不假思索将如意递给了桂祥之女。他并非在选择终身伴侣和幸福，纯粹只是为了尽快结束精神极端紧张、痛苦的选择过程而完成了一个机械动作，此时此刻在他意识中选择的对象是谁已无关紧要。光绪嗒然若丧地回到座位，竟忽略了递荷包选嫔妃的程序。慈禧见状，索性代庖，命她跟前的荣寿大公主直接将荷包交到长叙家两姐妹手中。选妃结束，桂祥之女叶赫那拉氏封为皇后，长叙家两位他他拉氏长封瑾嫔、次封珍嫔。
光绪十五年（1889年）正月二十六日，光绪大婚。这是慈禧归政前，经她之手完成的最后一件大事。她要充分显示一下自己的才能，两年前就成立了大婚礼仪处，由醇亲王奕譞负责。翁同龢在日记中记载，为筹备大婚，清廷从户部和外省藩司银库**提京饷银五百五十万两，占清朝全年财政收入的四分之一。并大开捐纳，集资敛财，以造成盛况空前的声势和排场。
光绪大婚是清朝皇帝中最盛大、最奢侈的，记用黄金四千一百余两，白银四百八十二万四千余两，制钱二千七百余万串。婚礼的程序十分复杂。上一年选定后妃后，即行纳彩礼。由正副使率大队人马将内务府办齐的礼品：全鞍文马十匹、甲胄十